TSUBAME3.0のシステムの計算ノード部にはSGIのSGI ICE XAを採用し、540台の計算ノードを収容する。ストレージシステムにはデータダイレクト・ネットワークスの容量15.9PBのLustre ファイルシステムを使い、これに加えて各計算ノードにも容量2TBのNVMe対応高速SSDを搭載。計算ノード及びストレージシステムはOmni-Pathによる高速ネットワークに接続され、またSINET5を経由して100Gbpsの速度でインターネットに接続される
