エンジンは従来からあるR06Aをアルト ターボRS専用に改良した仕様。この改良型R06A型吸気VVTターボエンジンのスペックは、最高出力が47kW（64PS）/6000rpm、最大トルクが98Nm（10.0kgm）/3000rpmとなっている。インテークは右がインタークーラー用、左がエアクリーナー用となってる
