京都に使徒反応!特務機関NERVは<第3新京都市支部>を設立。太秦の地に<エヴァンゲリオン京都基地>を建設。新しいパイロットを必要とするNERVは、新規パイロットの公募を決定。応募者は様々な適性検査を経てシンクロ率を測定、初号機エントリープラグの搭乗テストを受けてもらう。求む、シン・パイロット!
