エンジンは2タイプで、アイドルストップ付きの直列3気筒DOHC 0.66リッター自然吸気エンジンをeKスペース全車とeKスペース カスタムGに搭載。最高出力は36kW（49PS）/6500rpm、最大トルクは59Nm（6.0kgm）/5000rpm。eKスペース カスタムTのみにハイパワーな直列3気筒DOHC 0.66リッター ターボエンジンを積む。こちらの最高出力は47kW（64PS）/6000rpm、最大トルク98Nm（10.0kgm）/3000rpmだ
