ジムニーには、最高出力47kW（64PS）/6000rpm、最大トルク96Nm（9.8kgfm）/3500rpmを発生する直列3気筒DOHC 0.66リッターターボエンジン「R06A」型を搭載。水の侵入を防ぐため、エアクリーナーをエンジンルーム上部にレイアウトするなど、工夫が凝らされている
